Dalam rangka peningkatan produksi peternakan melalui peningkatan kesehatan hewan, Departemen Pertanian cq. Direktorat Jenderal Peternakan bekerja sama dengan FAO (Food Agriculture Organization) mendirikan laboratorium tipe A sebagai Pusat Penyidik Penyakit Hewan atau Disease Investigation Center (DIC). Laboratorium ini pertama kali dibangun pada tahun 1973 dan berkedudukan di Ujung Pandang (Makassar), dengan wilayah kerja meliputi enam provinsi: Sulawesi Selatan, Sulawesi Tenggara, Sulawesi Tengah, Sulawesi Utara, Maluku, dan Irian Jaya.
Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pertanian Nomor 190/Kpts/Org/5/1975 tanggal 12 Mei 1975, laboratorium tipe A ini dijadikan sebagai Balai Penyidikan Penyakit Hewan (BPPH), yang merupakan salah satu Unit Pelaksana Teknis di bawah Direktorat Jenderal Peternakan. Pada tahun 1976, BPPH diresmikan oleh Menteri Pertanian Prof. DR. Tojib Hadiwidjaja, dan berpindah lokasi ke Jalan Dr. Ratulangi, Kabupaten Maros, Provinsi Sulawesi Selatan.
Pada tahun 1978, susunan organisasi dan tata kerja BPPH di seluruh Indonesia (BPPH I-VII) disempurnakan. Selanjutnya, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pertanian No. 457/Kpts/OT210/8/2001, BPPH berubah nama menjadi Balai Penyidik dan Pengujian Veteriner (BPPV) Regional VII Maros. Kemudian, pada tanggal 30 Desember 2003, terbit Surat Keputusan Menteri Pertanian No. 629/Kpts/OT.140/12/2003 yang menyatakan bahwa dua dari tujuh BPPV di Indonesia, yaitu BPPV Maros dan BPPV Jogjakarta, berubah nama menjadi Balai Besar Veteriner (BBVet).
Organisasi dan tata kerja Balai Besar Veteriner Maros mengalami beberapa perubahan, di antaranya melalui Peraturan Menteri Pertanian No. 54/Permentan/OT.140/5/2013 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Besar Veteriner, dan yang terakhir melalui Peraturan Menteri Pertanian Nomor 12 Tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Lingkup Direktorat Jenderal Peternakan dan Kesehatan Hewan.
Hingga saat ini, terdapat tiga Balai Besar Veteriner, lima Balai Veteriner, dan satu Loka Veteriner yang tersebar di seluruh Indonesia. Wilayah kerja Balai Besar Veteriner Maros saat ini meliputi delapan provinsi: Gorontalo, Maluku, Maluku Utara, Sulawesi Barat, Sulawesi Selatan, Sulawesi Tengah, Sulawesi Tenggara, dan Sulawesi Utara.
Balai Besar Veteriner Maros dilengkapi dengan 7 laboratorium pengujian, diantaranya: Laboratorium Bakteriologi, Laboratorium Bioteknologi, Laboratorium Kesehatan Masyarakat Veteriner, Laboratorium Parasitologi, Laboratorium Patologi dan Toksikologi, Laboratorium Serologi, dan Laboratorium Virologi. Selain itu, Balai Besar Veteriner Maros memiliki 1 unit Epidemiologi, 1 instalasi hewan coba, dan 1 unit sterilisasi dan media. Balai Besar Veteriner Maros berkomitmen memberikan pelayanan pengujian terbaik dengan motto bekerja dengan Cepat, Tepat, dan Akurat.